Балдырларға ДНҚ-ны штрих-кодтау - Algae DNA barcoding

ДНҚ-ны штрих-кодтау туралы балдырлар әдетте түрлерді сәйкестендіру үшін қолданылады және филогенетикалық зерттеу. Балдырлар а филогенетикалық біртектес емес топ, яғни бірыңғай әмбебап штрих-кодты қолдану /маркер өйткені түрлерді делимитациялау мүмкін емес әр түрлі маркерлер / штрих-кодтар әр түрлі балдыр топтарында осы мақсатта қолданылады.

Диатомдар

Диатом ДНҚ-ны штрих-кодтау - таксономиялық сәйкестендіру әдісі диатомдар тіпті түрлері деңгей. Ол қолдану арқылы жүзеге асырылады ДНҚ немесе РНҚ ілесуші күшейту және реттілік нақты, консервацияланған аймақтар диатомда геном содан кейін таксономиялық тағайындау.

Диатомдарды анықтаудың негізгі қиындықтарының бірі - бұл көбінесе бірнеше түрдің диатомдарының қоспасы ретінде жиналады. ДНҚ метабаркодтау - бұл аралас түрдегі жеке түрді анықтау процесі қоршаған ортадағы ДНҚ (эДНК деп те аталады), ол ДНҚ, мысалы, топырақтан немесе су сынамаларынан қоршаған ортадан алынады.

Диатомды ДНҚ штрих-кодтау

Жаңадан қолданылатын әдіс - диатом ДНҚ метабаркодтау бұл диатомдардың белгілі бір экологиялық жағдайларға нақты реакциясы арқасында өзендер мен өзендердің экологиялық сапасын бағалау үшін қолданылады. Арқылы түрлерді сәйкестендіру ретінде морфология салыстырмалы түрде қиын және көп уақыт пен тәжірибені қажет етеді,[1][2] өнімділігі жоғары реттілік (HTS) метаболкодизациясы таксономиялық тағайындауға мүмкіндік береді, сондықтан топқа тән толық үлгі үшін сәйкестендіру праймерлер алдыңғы ДНҚ үшін таңдалған күшейту.

Осы уақытқа дейін бірнеше ДНҚ маркерлер негізінен бағытталған, қазірдің өзінде әзірленді 18S рРНҚ.[3] ДНҚ рибосомалық кіші суббірліктің (SSU рДНҚ) гипервариялы V4 аймағын қолдану арқылы ДНҚ-ға негізделген идентификация классикалық морфологияға негізделген тәсілден тиімді болды.[4] Маркер гендері ретінде жиі қолданылатын геномдардағы басқа консервіленген аймақтар рибулоза-1-5-бисфосфат карбоксилаза (rbcL), цитохромоксидаза I (cox1, COI),[5] ITS[6] және 28S.[7] Диатом eDNA метабаркодтау нәтижесінде алынған молекулалық мәліметтер морфологияға негізделген биотикалық диатомдық индекстерді сенімді түрде көрсететіндігі және сондықтан экожүйенің күйін бағалауға мүмкіндік беретіндігі бірнеше рет көрсетілген.[8][9] Бұл арада диатомалар басқа тұщы су экожүйелеріндегі экологиялық сапаны бағалау үшін үнемі қолданылады.[7] Сумен бірге омыртқасыздар олар су ағындарының физикалық, химиялық немесе биологиялық жағдайларына байланысты бұзылудың ең жақсы көрсеткіштері болып саналады. Биомониторинг үшін көптеген зерттеулер бентикалық диатомдарды қолданады.[10][11][12][13] Диатомдық ДНҚ штрих-коды табылмағандықтан, әр түрлі маркерлер әр түрлі мақсатта қолданылады деген ұсыныс жасалды. Шынында да, өте өзгермелі cox1, ITS және 28S гендері таксономиялық зерттеулерге қолайлы болып саналды, ал сақталған 18S және rbcL гендері биомониторингке қолайлы болып көрінеді.

Артықшылықтары

ДНҚ-ны штрих-кодтау тұжырымдамасын диатомаларға қолдану дұрыс емес сәйкестендіру проблемасын шешуге үлкен мүмкіндіктер береді және осылайша экологиялық үлгілердің биоәртүрлілігін талдауға көмектеседі.[14]

NGS технологиясына негізделген молекулалық әдістер әрдайым дерлік анықталған таксондардың көбеюіне әкеледі, олардың болуы кейіннен жарық микроскопиясымен тексерілуі мүмкін.[4] Зерттеудің нәтижелері диатомдардың eDNA штрих-кодтауы судың сапасын бағалауға жарамды және дәстүрлі әдістерді толықтыра немесе жетілдіре алатындығының дәлелі болып табылады. Стоек және басқалар.[15] eDNA штрих-кодтау диатомдық алуан түрлілік туралы немесе басқа протисттік қауымдастықтар туралы көбірек түсінік беретіндігін көрсетті, сондықтан ғаламдық әртүрліліктің экологиялық проекциясы үшін қолданыла алады. Басқа зерттеулер әртүрлі нәтижелер көрсетті. Мысалы, мол түрлерге назар аударған кезде молекулалық әдіспен алынған тауарлы-материалдық құндылықтар морфологияға негізделген әдіске жақын болды.[5]

ДНҚ-ны метабаркодтау сонымен қатар географиялық аймақтар бойынша таксономиялық шешімділігі мен салыстырмалылығын арттыра алады, бұл тек морфологиялық белгілерді қолдану қиынға соғады. Сонымен қатар, ДНҚ-ға негізделген идентификация әлеуетті биоиндикаторлардың ауқымын кеңейтуге мүмкіндік береді, олардың ішінде ерекше сезімтал немесе сезімтал немесе стрессорларға төзімді болуы мүмкін байқалмайтын таксономиялық топтар бар. Жанама түрде, молекулалық әдістер түрлердің экологиясы бойынша олқылықтардың орнын толтыруға, өңделетін үлгілердің санын көбейтуге және өңдеу уақытының азаюына (экономикалық тиімділікке), сондай-ақ түрлер арасындағы корреляцияның дәлдігі мен дәлдігін арттыруға көмектеседі. / МОТУ-дың пайда болуы және қоршаған орта факторлары.[16]

Қиындықтар

Диатом морфологиясы

Қазіргі уақытта ДНҚ-ны сақтау және оқшаулау әдістері, ДНҚ штрих-кодтары мен ПТР праймерлерін таңдау туралы консенсус жоқ, сондай-ақ МОТУ кластерлеу параметрлері мен оларды таксономиялық тағайындау туралы келісім жоқ.[16] Іріктеу және молекулалық қадамдарды дамуды зерттеу арқылы стандарттау қажет.[5] Диатомдардың түрлеріне арналған штрих-кодтардың қол жетімділігі маңызды шектеулердің бірі болып табылады. Биоиндикаторлық таксондардың анықтамалық базасы көптеген ұлттық штрих-кодтау бастамаларының тұрақты күш-жігеріне қарамастан көптеген түрлерде штрих-код туралы ақпарат жетіспейді. Сонымен қатар, метаболкодингтің қолданыстағы мәліметтерінің көпшілігі тек жергілікті жерде қол жетімді және географиялық жағынан шашыраңқы, бұл жаһандық пайдалы құралдарды дамытуға кедергі келтіреді.[16] Visco және басқалар.[17] еуропалық диатомдардың 30% -дан аспайтын түрлерінің қазіргі кезде анықтамалық мәліметтер базасында ұсынылғанын бағалады. Мысалы, фенноскандиялық қауымдастықтардың бірқатар түрлеріне (әсіресе, ацидофильді диатомдарға) маңызды жетіспеушілік бар. Eunotia incisa). Сонымен қатар, ДНҚ штрих-кодтауымен таксономиялық сәйкестендіру түрлердің деңгейінен дәл емес екендігі көрсетілген, мысалы, сорттарды бөлу үшін (сілтеме жоқ).

Таксономиялық сәйкестендіруге арналған штрих-кодтаудың тағы бір белгілі шектеулері - бұл таксономиялық тағайындауға дейін қолданылған кластерлеу әдісі: Бұл көбінесе генетикалық ақпараттың көп мөлшерде жоғалуына алып келеді және әртүрлі кластерлеу мен әр түрлі таксономиялық тағайындау процестерінің әсерін бағалаудың жалғыз сенімді әдісі болып табылады. бірдей анықтамалық базаны пайдалану кезінде әр түрлі құбыржолдар арқылы құрылған түрлер тізімі. Бұл Еуропадағы диатомдық бірлестіктерді молекулалық бағалауда қолданылатын әр түрлі құбырлар үшін жасалмады.[16] NGS арқылы таксондарды сенімді сәйкестендіру үшін қол жетімді ваучерлерді қамтитын таксономиялық тексерілген мәліметтер базасы өте маңызды.[18]

Сонымен қатар, праймерлік ауытқулар көбінесе штрих-кодтаудың өзгеруінің негізгі көзі болып табылады және ПТР праймерлерінің тиімділігі диатомдардың түрлерінен өзгеше болуы мүмкін, яғни кейбір праймерлер бір таксонның екінші таксонның екіншісінен артықшылықты күшеюіне әкеледі.[16]

Мета-кодтау деректерінен молшылықты шығару қоршаған ортаны пайдаланудағы ең күрделі мәселелердің бірі болып саналады.[19][20] HTS бойынша құрылған тізбектердің саны үлгі немесе биомасса санына тікелей сәйкес келмейді және әр түрлі түрдегі көрсеткіштер әртүрлі болуы мүмкін (мысалы, rbcL маркерімен хлоропласт мөлшерінің айырмашылығына байланысты). Васселон және басқалар.[21] жақында rbcL маркерін қолданған кезде биологиялық көлемді түзету коэффициентін жасады. Мысалға, Achnanthidium minutissimum шағын биологиялық көлемге ие, сондықтан үлкен түрлерге қарағанда (хлоропластта орналасқан) rbcL фрагментінің көшірмелерін аз шығарады. Алайда, бұл түзету коэффициенті әр биологиялық көлеммен әр түрлі калибрлеуді қажет етеді және алыс жерлерде ғана сыналған. 18S маркері сияқты басқа маркерлер үшін гендер көшірмесі нөмірінің ауытқуы түрге тән емес сияқты, бірақ әлі тексерілмеген.

Диатомның мақсатты аймақтары

Штрих-кодтау маркері әдетте геномның гипервариялы аймақтарын (түрлер арасындағы айырмашылықты қамтамасыз ету үшін) өте сақталған аймақпен біріктіреді (мақсатты организмнің ерекшелігін сақтандыру үшін). Ядролық, митохондриялық және хлоропласт геномдарына жататын бірнеше ДНҚ маркерлері (rbcL, COI, ITS +5.8S, СМУ, 18S...), NGS-мен диатомдарды сәйкестендіру үшін жасалған және сәтті қолданылған.[22][23][6]

18S және V4 ішкі бірлігі

18S гендік аймағы басқа протисттік топтарда маркер ретінде кеңінен қолданылған[24][25] және Джан және басқалар.[26] диатомаларды штрих-кодтау үшін бірінші болып 18S ген аймағын сынап көрді. Циммерман және басқалар.[7] қоршаған орта сынамаларын HTS көмегімен талдау үшін штрих-кодтық маркер ретінде 1800 ат күші бар 18S рРНҚ генінің локусының 390–410 а.к. үзіндісін ұсынды. және диатомды идентификациялау үшін оның қолданылуы мен шектеулерін талқылайды. Бұл фрагментке VS суббірлігі кіреді, ол 18S локусы ішіндегі өзгермелі аймақтардың ең үлкені және ең күрделісі.[27] Олар 18S генінің осы гипервариялы аймағының простистің әртүрлілігін кең ауқымда зерттеуге үлкен мүмкіндіктері бар, бірақ түр деңгейінен немесе криптикалық түрлерден төмен идентификациялау тиімділігі шектеулі екенін атап өтті.

rbcL

Rbcl гені таксономия зерттеулерінде қолданылады (Тробаджо және басқалар. 2009), оның артықшылығы сирек кез-келген интрагеномдық вариацияны қамтиды және оларды өте оңай туралайды және салыстырады. R-Syst :: diatom деп аталатын ашық қол жетімді анықтамалық кітапхана екі штрих-кодқа (18S және rbcL) арналған мәліметтерді қамтиды. Оған веб-сайт арқылы еркін қол жетімді.[28] Керммарец және т.б.[5] диатомдарды экологиялық бағалау үшін rbcL генін сәтті қолданды. RbcL маркері оңай тураланады және салыстырылады.

Мониз және Качмарска [23] SSU, COI және ITS2 маркерлерінің күшейту жетістіктерін зерттеді және 300 - 400 а.к. ITS-2 + 5.8S фрагменті күшейтудің ең жоғары жылдамдығын және түрлердің жақсы ажыратымдылығын қамтамасыз етті. Кейіннен бұл маркер 99,5% жетістікке жеткен морфологиялық анықталған түрлерді бөлу үшін қолданылды. Осы күшейту жетістіктеріне қарамастан, Циммерман және т.б.[7] ИТС-2 индивидуалды гетерогенділікке байланысты қолданылуын сынға алды. СМУ деп ұсынылды[7] немесе rbcL (Mann және басқалар, 2010) белгілері жеке адамдар арасында гетерогенді емес, сондықтан түрлерді ажыратқанда тиімді болады.

Қолданбалар

Биомониторинг пен био бағалаудың генетикалық құралы

Диатомдар биомониторинг құралдарының жиынтығы ретінде үнемі қолданылады, оны Еуропалық су шеңбері директивасының бөлігі ретінде бақылау қажет.[29] Диатомдар тұщы сулардағы экожүйе денсаулығының индикаторы ретінде қолданылады, өйткені олар барлық жерде таралған, физикалық-химиялық параметрлердің өзгеруіне тікелей әсер етеді және басқа таксондарға қарағанда қоршаған ортаның айнымалыларымен жақсы байланысты көрсетеді. омыртқасыздар, бұл судың сапасы туралы жақсы көрініс береді.[30]

(e) су экожүйелерін биологиялық бағалау кезінде ДНҚ метабаркодтау

Соңғы жылдары зерттеушілер су жүйелері үшін биомониторингтің жаңа жолын ашып, микроскопияны қолдана отырып, дәстүрлі бағалауды толықтыру үшін диатомдарды метабаркодтау және реттілік құралдарын жасады және стандарттады.[31] Өзен биомониторингіне келесі буынның тізбектелген әдісі арқылы бентикалық диатомдарды қолдану оның жақсы әлеуетін ашты.[5] Көптеген зерттеулер метабаркодтауды және HTS-ті (жоғары өткізу реттілігі) тұщы сулардағы сапа күйін және әртүрлілігін бағалау үшін қолдануға болатындығын көрсетті. Қоршаған ортаны қорғау агенттігінің құрамында Келли және т.б.[32] Ұлыбритания үшін өзендердегі диатомдық қауымдастықтарды бағалау үшін ДНҚ-ға негізделген метабаркодтау әдісін жасады. Васселон және басқалар.[33] диатомаларға арналған морфологиялық және ГТС тәсілдерін салыстыра отырып, ХТС поллюосенсивтіліктің ерекше индексі (SPI) бойынша көптеген өзендер үшін сапа мәртебесін сенімді түрде көрсеткендігін анықтады. Васселон және басқалар.[34] диотомдар қауымдастығының ДНҚ метабаркодтауын тропикалық Майотта аралындағы өзендердің бақылау желісіне (француздық DOM-TOM) қолданды.

Римет және т.б.[35] диатомның әртүрлілігін бағалау үшін HTS қолдану мүмкіндігін зерттеді және HTS-тен де, микроскопиялық анализден де алуан түрлілік индекстері жақсы байланысқанын көрсетті.

ДНҚ штрих-кодтау және метабаркодтау арқылы су экожүйелерінің экологиялық және экологиялық мәртебесі туралы дәстүрлі көзқарастарға ұқсас тұжырымдарды ұсынатын молекулалық көрсеткіштер мен индекстерді құру үшін қолдануға болады.[36]

Сот-медициналық сараптама

Диатомалар сот тәжірибесінде суға батудың диагностикалық құралы ретінде қолданылған. Диатомды сынау диатомды ингаляцияның судан өкпеге және дененің айналасында таралуы мен тұндырылу принципіне негізделген. ДНҚ әдістерін өлімнің шынымен де суға батқандығын растауға және суға батудың шығу тегін анықтауға пайдалануға болады.[37] Диатомның ДНҚ метабаркодтауы денеде болатын диатомдық қауымдастықты тез талдауға және суға батудың шығу тегін анықтауға және денені бір жерден екінші жерге ауыстырған болса, зерттеуге мүмкіндік береді.

Криптикалық түрлер және мәліметтер базасы

Диатомдық метабаркодтау микроскопияны қолдану арқылы анықталуы қиын криптикалық түрлерді бөлуге көмектеседі және морфологиялық жиынтықтарды метабаркодтармен салыстыру арқылы анықтамалық мәліметтер базасын толықтыруға көмектеседі.[35] 

Басқа микробалдырлар

Хлорофиттер ежелгі адамдар мен таксономиялық тұрғыдан өте алуан текті (Fang et al. 2014), оның ішінде құрлықтағы өсімдіктерді де иемдену. Құрылымдық және ультрақұрылымдық критерийлер негізінде 14 000-нан астам түрге сипаттама берілгеніне қарамастан (Hall et al. 2010), олардың морфологиялық идентификациясы жиі шектеулі.

Морфологиялық проблеманы айналып өту үшін ДНҚ негізінде идентификациялау үшін хлорофиттерге арналған бірнеше штрих-код ұсынылған. Цитохром оксидазасы I (COI, COX) кодтайтын ген (сілтеме) жануарларға арналған стандартты штрих-код болғанымен, хлорофиттер үшін қанағаттанарлықсыз болып шықты, өйткені генде осы балдырлар тобында бірнеше интрондар бар (Turmel және басқалар. 2002). Хлорофиттер үшін ядролық маркер гендері қолданылған: SSU rDNA, LSU rDNA, rDNA ITS (Leliaert және басқалар, 2014).

Макробалдырлар

Макробалдырлар - таксономиялық емес, морфологиялық топтау - қарапайым морфологиясы, фенотиптік икемділігі және өмірлік циклдің кезектесетін кезеңдеріне байланысты анықтау өте қиын болуы мүмкін. Осылайша, балдырлардың систематикасы және идентификациясы генетикалық / молекулалық құралдарға көп тәуелді болды ДНҚ-ны штрих-кодтау.[38][39] The СМУ рДНА ген - макробалдырларға филогенетикалық зерттеулер жүргізу үшін жиі қолданылатын штрих-код.[40] Алайда, SSU рДНК - бұл өте сақталған аймақ және әдетте түрлерді сәйкестендіру үшін рұқсат жоқ.

Соңғы екі онжылдықта макробалдырлардың негізгі топтарының әрқайсысы үшін түрлерді сәйкестендіру мақсатында ДНҚ-ны штрих-кодтаудың белгілі бір стандарттары жасалды.[41][38][42][43][44] The цитохром с оксидаза суббірлігі I (COI) гені әдетте қызыл және қоңыр балдырлар үшін штрих-код ретінде қолданылады, ал tufA (пластидтің ұзару коэффициенті), rbcL (rubisco ірі суббірлігі) және ITS (ішкі транскрипция аралық ) әдетте жасыл балдырларға қолданылады.[40][44] Бұл штрих-кодтардың ұзындығы әдетте 600-700 а.к.

Әдетте штрих-кодтар макробалдырлардың (қызыл, жасыл және қоңыр) негізгі 3 тобы арасында ерекшеленеді, өйткені олардың эволюциялық мұрасы әр түрлі.[45] Макробалдырлар а полифилетикалық топ, яғни топ ішінде олардың барлығы ортақ ата-бабаға жатпайтындығын білдіреді, сондықтан түрлердің идентификациясы үшін жеткілікті өзгермелі, бірақ арасында сақталатын генді табу қиынға соғады.

Мақсатты аймақтар

Таксономиялық топМаркер гені
ядролықмитохондриялықхлоропластид
ХлорофиттерSSU рДНҚ, LSU рДНҚ, рДНҚ ITSтуфA,rbcL
РодофиттерФикоэритрин, созылу коэффициенті, LSU рДНҚкокс1, кокс2-3 аралықrbcL, Рубиско аралық
ФеофиттерRDNA ITSкокс1, кокс3psbA,rbcL, Рубиско аралық
Хризофиттер және синурофиттерСГУ рДНҚ, рДНҚ ITSкокс1psaA,rbcL
КриптофиттерSSU рДНҚ, LSU рДНҚ, рДНҚ ITSкокс1Рубиско аралық
БаксилариофиттерSSU рДНҚ, LSU рДНҚ, рДНҚ ITSкокс1rbcL
ДинофиттерLSU рДНҚ, рДНҚ ITSкокс1, кобPsbAncr, 23S рДНҚ
НоутфиттерSSU рДНҚ, LSU рДНҚ, рДНҚ, рДНҚ ITSкокс1b-атп4туфA
РафидофиттерSSU рДНҚ, LSU рДНҚ, рДНҚ, рДНҚ ITSкокс1psaA, rbcL
КсантофиттерRDNA ITSRbcL,psbA-rbcL аралық
ХлорарахниофиттерЯдролық рДНҚ ИТС, нуклеоморфты рДНҚ ИТС
ЕвгленофиттерSSU рДНҚ, LSU рДНҚSSU рДНҚ, LSU рДНҚ

Бейімделген [39]

Сондай-ақ қараңыз

Әр түрлі организмдердің ДНҚ-ны штрих-кодтау туралы толық ақпаратты мына жерден таба аласыз:

Микробтық ДНҚ-ны штрих-кодтау

ДНҚ-ны штрих-кодтау

Балықты ДНҚ-ға штрих-кодтау

Диетаны бағалау кезінде ДНҚ-ны штрих-кодтау

Әдебиеттер тізімі

  1. ^ Лобо, Эдуардо А .; Генрих, Карла Гисельда; Uchуч, Марилия; Ветцель, Карлос Эдуардо; Эктор, Люк (2016), Некчи Дж.Р., Орландо (ред.), «Диатомдар өзендегі биоиндикатор ретінде», Балдырлар өзені, Springer International Publishing, 245–271 бет, дои:10.1007/978-3-319-31984-1_11, ISBN  9783319319834
  2. ^ Стивенсон, Р.Джан; Пан, Янгдун; ван Дам, Герман (2010), Смол, Джон П .; Стермер, Евгений Ф. (ред.), «Өзендер мен өзендердегі экологиялық жағдайларды диатомалармен бағалау», Диатомдар (2 басылым), Кембридж университетінің баспасы, 57–85 б., дои:10.1017 / cbo9780511763175.005, ISBN  9780511763175
  3. ^ Таберлет, Пьер; Бонин, Орели; Зингер, Люси; Койсак, Эрик (2018-03-22). Қоршаған орта ДНҚ. 1. Оксфорд университетінің баспасы. дои:10.1093 / oso / 9780198767220.001.0001. ISBN  9780198767220.
  4. ^ а б Циммерманн, Джонас; Глокнер, Герно; Джан, Реджин; Энке, Нила; Gemeinholzer, Birgit (2015). «Экологиялық зерттеулерде диатомның әртүрлілігін бағалау үшін морфологиялық идентификацияға қарсы метабаркодтау». Молекулалық экологиялық ресурстар. 15 (3): 526–542. дои:10.1111/1755-0998.12336. PMID  25270047.
  5. ^ а б в г. e Кермаррек, Ленайг; Франк, Ален; Римет, Фредерик; Хомейл, Филипп; Фрижерио, Жан-Марк; Гумберт, Жан-Франсуа; Bouchez, Agnès (2014). «Бентикалық диатомдарды қолдана отырып, өзен биомониторингіне келесі буын тізбектеу тәсілі». Тұщы су туралы ғылым. 33 (1): 349–363. дои:10.1086/675079. ISSN  2161-9549. S2CID  85771495.
  6. ^ а б Хамшер, Сара Е .; Эванс, Катарин М .; Манн, Дэвид Дж.; Пуличкова, Алоизе; Сондерс, Гари В. (2011). «Штрих-кодтау диатомдары: COI-5P баламаларын зерттеу». Протист. 162 (3): 405–422. дои:10.1016 / j.protis.2010.09.005. PMID  21239228.
  7. ^ а б в г. e Циммерманн, Джонас; Джан, Реджин; Gemeinholzer, Birgit (2011). «Штрих-кодтау диатомдары: жаңа праймерлер мен протоколдарды қоса алғанда, 18S рРНҚ генінде V4 субаймағын бағалау». Ағзалардың әртүрлілігі және эволюциясы. 11 (3): 173–192. дои:10.1007 / s13127-011-0050-6. ISSN  1439-6092. S2CID  39047583.
  8. ^ Апотелоз-Перрет-Джентил, Лауре; Кордонье, Ариэль; Штрауб, Франсуа; Исели, Дженнифер; Эслинг, Филипп; Павловский, қаңтар (2017). «Жоғары диодты биомониторинг үшін таксономиясыз молекулалық диатом индексі». Молекулалық экологиялық ресурстар. 17 (6): 1231–1242. дои:10.1111/1755-0998.12668. PMID  28296259.
  9. ^ Павловский, Дж .; Лейзерович, Ф .; Апотелоз-Перрет-Джентил, Л .; Виско, Дж .; Esling, P. (2016). «Протистикалық метабаркодтау және биомониторинг: өзгеру уақыты». Еуропалық протистология журналы. 55 (Pt A): 12-25. дои:10.1016 / j.ejop.2016.02.003. PMID  27004417.
  10. ^ Альмейда, Саломе Ф.П .; Элиас, Кармен; Феррейра, Джоао; Торнис, Элизабет; Пуччинелли, Камилла; Дельмас, Франсуа; Дёрфлингер, Джералд; Урбанич, Горазд; Марчеггиани, Стефания (2014). «Жерорта теңізі бойынша Еуропадағы диатомдық көрсеткіштерді қолданатын өзендердің су сапасын бағалау: калибрлеу жаттығуларының әдістері». Жалпы қоршаған орта туралы ғылым. 476-477: 768–776. дои:10.1016 / j.scitotenv.2013.11.144. PMID  24342490.
  11. ^ Лавуи, Изабель; Кампо, Стефан; Дарчамбо, Франсуа; Кабана, Гилберт; Диллон, Питер Дж. (2008). «Диатомдар ағын суының уақыттық өзгергіштігінің жақсы интеграторлары ма?». Тұщы су биологиясы. 53 (4): 827–841. дои:10.1111 / j.1365-2427.2007.01935.x. ISSN  0046-5070.
  12. ^ Мартин, Гонсало; Рейес Фернандес, Мария де лос (2012-05-16), Вудурис, Костас (ред.), «Диатомдар судың сапасы мен экологиялық мәртебесінің көрсеткіштері: сынамалар алу, талдау және кейбір экологиялық ескертулер», Судың экологиялық сапасы - суды тазарту және қайта пайдалану, InTech, дои:10.5772/33831, ISBN  9789535105084
  13. ^ Римет, Фредерик; Bouchez, Agnès (2012). «Биомониторинг өзен диатомдары: таксономиялық шешімнің салдары». Экологиялық көрсеткіштер. 15 (1): 92–99. дои:10.1016 / j.ecolind.2011.09.014.
  14. ^ Васселон, Валентин; Домайзон, Изабель; Римет, Фредерик; Кахерт, Мария; Bouchez, Agnès (2017). «Диатомды биомониторингке метабаркодтауды жоғары жылдамдықты секвенирлеуді қолдану: ДНҚ-ны бөліп алу әдістері маңызды ма?» (PDF). Тұщы су туралы ғылым. 36 (1): 162–177. дои:10.1086/690649. ISSN  2161-9549.
  15. ^ Штек, Торстен; Бехнке, Анке; Кристен, Ричард; Амарал-Цеттлер, Линда; Родригес-Мора, Мария Дж; Чистосердов, Андрей; Орси, Уильям; Edgcomb, Вирджиния P (2009). «Жаппай параллельді дәйектілік анаэробты теңіз протистан қауымдастығының күрделілігін көрсетеді». BMC биологиясы. 7 (1): 72. дои:10.1186/1741-7007-7-72. ISSN  1741-7007. PMC  2777867. PMID  19886985.
  16. ^ а б в г. e Павловский, қаңтар; Келли-Куинн, Мэри; Альтерматт, Флориан; Апотелоз-Перрет-Джентил, Лауре; Бежа, Педро; Боггеро, Анжела; Боря, періште; Бушес, Агнес; Кордиер, Тристан (2018). «Экогеномдық дәуірдегі биотикалық индекстердің болашағы: су экожүйелерін биологиялық бағалауда ДНҚ метабаркодтауын интеграциялау» (PDF). Жалпы қоршаған орта туралы ғылым. 637-638: 1295–1310. дои:10.1016 / j.scitotenv.2018.05.002. PMID  29801222.
  17. ^ Виско, Джоана Аморим; Апотелоз-Перрет-Джентил, Лауре; Кордонье, Ариэль; Эслинг, Филипп; Пиллет, Loïc; Павловский, қаңтар (2015-07-07). «Қоршаған орта мониторингі: диатом индексін келесі буынның дәйектілік деректері бойынша шығару». Қоршаған орта туралы ғылым және технологиялар. 49 (13): 7597–7605. дои:10.1021 / es506158м. ISSN  0013-936X. PMID  26052741.
  18. ^ Циммерманн, Джонас; Абарка, Нелида; Энк, Нила; Скиббе, Оливер; Кусбер, Қасқыр-Хеннинг; Джан, Регине (2014-09-29). Шерутеруат, Бернд (ред.) «Экологиялық штрих-кодтау бойынша таксономиялық анықтамалық кітапханалар: диатомды зерттеудің үздік тәжірибесі». PLOS ONE. 9 (9): e108793. дои:10.1371 / journal.pone.0108793. ISSN  1932-6203. PMC  4180937. PMID  25265556.
  19. ^ Шоу, Дженнифер Л. А .; Вейрих, Лаура; Купер, Алан (2017). «Су биоалуантүрлілігін зерттеу үшін экологиялық (e) ДНҚ тізбегін қолдану: бастаушыға арналған нұсқаулық». Теңіз және тұщы суды зерттеу. 68 (1): 20. дои:10.1071 / MF15361. ISSN  1323-1650.
  20. ^ Эдгар, Грэм Дж.; Александр, Тимоти Дж.; Лефчек, Джонатан С .; Бейтс, Аманда Э .; Кининмонт, Стюарт Дж .; Томсон, Рассел Дж .; Даффи, Дж. Эмметт; Костелло, Марк Дж .; Стюарт-Смит, Рик Д. (2017). «Молшылық пен жергілікті масштабтағы процестер дүниежүзілік теңіз әртүрлілігінде көптеген фила градиенттеріне ықпал етеді». Ғылым жетістіктері. 3 (10): e1700419. дои:10.1126 / sciadv.1700419. ISSN  2375-2548. PMC  5647131. PMID  29057321.
  21. ^ Васселон, Валентин; Бушес, Агнес; Римет, Фредерик; Джакет, Стефан; Тробаджо, Роза; Корникель, Мелайн; Таполчай, Кальман; Domaizon, Isabelle (2018). Махон, Эндрю (ред.) «Метабаркодтауда сандық жағымсыздықты болдырмау: диатомдық молекулалық биомониторингте жасушаның биологиялық көлемін түзету коэффициентін қолдану» (PDF). Экология және эволюция әдістері. 9 (4): 1060–1069. дои:10.1111 / 2041-210X.12960. hdl:20.500.12327/161.
  22. ^ Эванс, Катарин М .; Уортли, Александра Х.; Манн, Дэвид Г. (2007). «Потенциалды диатомды бағалау» штрих-код «Гендер (cox1, rbcL, 18S және ITS rDNA) және олардың Селлафорадағы (Bacillariophyta) қатынастарды анықтаудағы тиімділігі». Протист. 158 (3): 349–364. дои:10.1016 / j.protis.2007.04.001. PMID  17581782.
  23. ^ а б Мониз, Моника Б.Ж .; Качмарска, Ирена (2010). «Диатомдарды штрих-кодтау: Ядролық кодталған ITS қайта қаралды». Протист. 161 (1): 7–34. дои:10.1016 / j.protis.2009.07.001. PMID  19674931.
  24. ^ Скллуна, Стефани М .; Тавари, бата; Кларк, C. Грэм (2006). «Бластоцистистің ДНҚ штрих-кодтауы». Протист. 157 (1): 77–85. дои:10.1016 / j.protis.2005.12.001. PMID  16431158.
  25. ^ Уц, Лаура Р. П .; Эйзирик, Эдуардо (2007). «Перитрихияның субклассының молекулярлық филогенетикасы (Ciliophora: Oligohymenophorea) 18S rRNA тізбегінің кеңейтілген талдауы негізінде». Эукариоттық микробиология журналы. 54 (3): 303–305. дои:10.1111 / j.1550-7408.2007.00260.x. ISSN  1066-5234. PMID  17552986.
  26. ^ Джан, Р. (2007-12-11). «Диатомдар және ДНҚ штрих-кодтау: экологиялық сынама бойынша пилоттық зерттеу». 1-ші Еуропалық диатомдық кездесудің материалдары 2007 ж. Ботаникалық бақ және Берлин-Далем ботаникалық мұражайы: 63–68. дои:10.3372 / cediatom.113. ISBN  9783921800638.
  27. ^ Никрент, Даниэль Л .; Сарджент, Малколм Л. (1991). «Эукариотты кіші суббірлікті рибосомалық РНҚ-ның V4 аймағының екінші құрылымына шолу». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 19 (2): 227–235. дои:10.1093 / нар / 19.2.227. ISSN  0305-1048. PMC  333584. PMID  2014163.
  28. ^ Wilde, Erik (1999), «Гипермәтінді жіберу хаттамасы (HTTP)», Уайлдтың WWW, Springer Berlin Heidelberg, 53-135 б., дои:10.1007/978-3-642-95855-7_4, ISBN  9783642958571
  29. ^ Еуропалық Парламент пен 2000 жылғы 23 қазандағы Кеңестің 2000/60 / EC директивасы су саясаты саласындағы қоғамдастықтың іс-әрекетінің негізін құрды, OJ L, 2000-12-22, алынды 2019-03-28
  30. ^ Римет, Фредерик (2012-03-01). «Өзендердің ластануы және диатомалар туралы соңғы көзқарастар». Гидробиология. 683 (1): 1–24. дои:10.1007 / s10750-011-0949-0. ISSN  1573-5117. S2CID  18668007.
  31. ^ Кермаррек, Л .; Франк, А .; Римет, Ф .; Хомейл, П .; Хумберт, Дж. Ф .; Bouchez, A. (2013). «Эукариоттық қауымдастықтардағы таксономиялық әртүрлілікті инвентаризациялаудың келесі буыны: тұщы су диатомаларына арналған тест». Молекулалық экологиялық ресурстар. 13 (4): 607–619. дои:10.1111/1755-0998.12105. PMID  23590277.
  32. ^ «Келли және басқалар» (PDF).
  33. ^ Васселон, Валентин; Домайзон, Изабель; Римет, Фредерик; Кахерт, Мария; Bouchez, Agnès (2017). «Диатомды биомониторингке метабаркодтауды жоғары жылдамдықты секвенирлеуді қолдану: ДНҚ-ны бөліп алу әдістері маңызды ма?» (PDF). Тұщы су туралы ғылым. 36 (1): 162–177. дои:10.1086/690649. ISSN  2161-9549.
  34. ^ Васселон, Валентин; Римет, Фредерик; Таполчай, Кальман; Bouchez, Agnès (2017). «ДНҚ метабаркодтау диатомаларымен экологиялық жағдайды бағалау: WFD бақылау желісінде масштабтау (Франция, Майотта)». Экологиялық көрсеткіштер. 82: 1–12. дои:10.1016 / j.ecolind.2017.06.024.
  35. ^ а б Римет, Фредерик; Васселон, Валентин; А.-Кеште, Барбара; Bouchez, Agnès (2018). «Біз әртүрлілікті микроскопиямен және жоғары өткізгіштікпен реттілікпен бағалаймыз ба? Көлдердегі микробалдырлардың жағдайы». Ағзалардың әртүрлілігі және эволюциясы. 18 (1): 51–62. дои:10.1007 / s13127-018-0359-5. ISSN  1439-6092. S2CID  3879922.
  36. ^ Херинг, Даниел; Боря, періште; Джонс, Дж. Айван; Понт, Дидье; Бәтеңке, Питер; Бушес, Агнес; Брюс, Кат; Дракаре, Стина; Hänfling, Bernd (2018). «Еуропалық су шеңберлік директивасы шеңберінде экологиялық мәртебені бағалауға ДНҚ негізінде сәйкестендіруді енгізу нұсқалары». Суды зерттеу. 138: 192–205. дои:10.1016 / j.watres.2018.03.003. PMID  29602086.
  37. ^ Сео, Ясухиса; Ичида, Дайсуке; Сато, Шинго; Куроки, Коджи; Кишида, Тетсуко (2014). «Кремнийдің ДНҚ-мен байланыстыру қабілетін пайдаланатын диатомды сынаудың жетілдірілген әдісі». Сот сараптамасы журналы. 59 (3): 779–784. дои:10.1111/1556-4029.12390. PMID  24502836.
  38. ^ а б Сондерс, Гари В (2005-10-29). «Қызыл макробалдырларға ДНҚ штрих-кодтауды қолдану: алдын-ала бағалау болашақ қолданбаларға үміт береді». Корольдік қоғамның философиялық операциялары В: Биологиялық ғылымдар. 360 (1462): 1879–1888. дои:10.1098 / rstb.2005.1719. ISSN  0962-8436. PMC  1609223. PMID  16214745.
  39. ^ а б Леляерт, Фредерик; Вербругген, Батыр; Ванормелинген, Питер; Стин, Фредерик; Лопес-Баутиста, Хуан М .; Цуккарелло, Джузеппе С.; Де Клерк, Оливье (2014-04-03). «ДНҚ-ға негізделген балдырлардың түрлерін делимитациялау». Еуропалық Фикология журналы. 49 (2): 179–196. дои:10.1080/09670262.2014.904524. ISSN  0967-0262.
  40. ^ а б Харпер және Сондерс (2001). «Фиборидофитті қызыл балдырлардың (Florideophyceae, Rhodophyta) жүйелілігі мен жіктелуіне рибосомалық цистронның реттілігін қолдану». Cahiers de Biologie Marine. 42(1/2): 25–38.
  41. ^ МакДевит, Даниэл С .; Сондерс, Гари В. (2009). «Экстракцияның жаңа хаттамасын қоса, қоңыр макробалдырлардың (Фаофиттер) түрлерін саралау үшін ДНҚ-ны штрих-кодтаудың тиімділігі туралы». Фикологиялық зерттеулер. 57 (2): 131–141. дои:10.1111 / j.1440-1835.2009.00530.x.
  42. ^ Saunders & Kucera (2010). «RbcL, tufA, UPA, LSU және ITS-ді теңіз жасыл макробалдырлары үшін ДНҚ штрих-кодтық маркерлері ретінде бағалау». Алгология криптогамиясы. 31 (4).
  43. ^ Валеро, Мириам; Кюпер, Фритжоф С .; Циамис, Константинос; Кусейро, Люсия; Питерс, Акира Ф. (2015). «Инкубацияланған субстраттан оқшауланған теңіз қоңыр балдырларының криптикалық кезеңдерін штрихтау ацинетоспорада (эктокарпалес, фаеофиттер) жоғары әртүрлілікті ашады 1». Криптогамия, алгология. 36 (1): 3–29. дои:10.7872 / crya.v36.iss1.2015.3. ISSN  0181-1568. S2CID  84276804.
  44. ^ а б Сондерс, Гари В .; McDevit, Daniel C. (2012), Kress, W. John; Эриксон, Дэвид Л. (ред.), «Макробалдырлар мен диатомаларға баса назар аударатын фотосинтетикалық протезді ДНҚ штрих-кодтау әдістері», ДНҚ штрих-кодтары, Humana Press, 858, 207–222 б., дои:10.1007/978-1-61779-591-6_10, ISBN  9781617795909, PMID  22684958
  45. ^ Baldauf, S. L. (2003-06-13). «Эукариоттардың терең тамырлары». Ғылым. 300 (5626): 1703–1706. дои:10.1126 / ғылым.1085544. ISSN  0036-8075. PMID  12805537. S2CID  32788100.