SbRNA - SbRNA
| sbRNA | |
|---|---|
 СбРНҚ нематодының сақталған екінші құрылымы | |
| Идентификаторлар | |
| Таңба | sbRNA |
| Басқа деректер | |
| РНҚ түрі | Джин |
| Домен (дер) | Канорабдит |
| PDB құрылымдар | PDBe |
| Рфам |
|---|
sbRNA (бағаналы-дөңес РНҚ ) отбасы кодталмаған РНҚ алғаш ашылған Caenorhabditis elegans. Ол толық кезінде анықталды транскриптом экран C. elegans кДНҚ кітапхана.[1] Кейінгі тәжірибе sbRNA-ны сақталған деп сипаттады 5' және 3' ұзаққа созылатын ішкі мотивтер жұпталған баған ол бұдырмен үзіледі.[2]
Өрнек
sbRNA-ның өзгермелі мәні бар өрнек даму кезіндегі заңдылықтар. Олар ересек құрттарда жоғары дәрежеде көрінеді, қырыққабат личинкалары және келесі жылу соққысы.[1] Жүйелі қағу қолдану арқылы талдау RNAi жоқ деп тапты фенотип ішіндегі екі sbRNA нокаутына арналған C. elegans,[3] дегенмен, ncRNA-дағы RNAi-нің тиімділігі күмәнданды.[4] сбРНҚ-да қаттылықты сақтау үшін ақуыз талшықтарында иммуноглобулин бар, бірақ олар дұрыс жұмыс істемейтін рибосомалардан жұқтыру қаупі бар.
сбРНҚ ортақ промоутер элементтері тұрады TATA қорабы және проксималды реттілік элементі (PSE B қорапшасы), бірақ бұлардың тек біреуі қажет транскрипция.[5] Транскрипт бойынша жабылмаған және полиуридилденген, оны транскрипциялады деп ойлайды РНҚ полимераза III.[6]
Y РНҚ гомологиясы
SbRNA, CeN134 омыртқалы омологқа үміткер ретінде хабарланды Y РНҚ кезінде корольдік - жалпы іздеу.[7] Қосымша тергеу гомологты деп тапты екінші құрылым консольді спиральды аймақтармен және UUAUC циклінің жалпы мотивімен.[6]
Сондықтан sbRNA-ның функциясы омыртқалы Y РНҚ-ға ұқсас болуы мүмкін, атап айтқанда Ро -РНҚ сапасын басқаруға арналған РНҚ бөлшегі[8] және хромосомада рөл ойнайды шағылыстыру.[9] Жою sbRNA хромосома репликациясының алдын алмайды C. elegans, бірақ бұл жетіспейтін элементтерді алмастыратын басқа sbRNA-лардың салдары болуы мүмкін (адамның Y РНҚ-дағыдай). Бұл теория сонымен қатар РНҚ зерттеулерінің нокаутталған sbRNA-ға арналған фенотипті анықтай алмауының себебін түсіндіреді.[6]
Сондай-ақ қараңыз
Әдебиеттер тізімі
- ^ а б Дэн В, Чжу Х, Скогербо Г және т.б. (Қаңтар 2006). «Шағын кодталмаған транскриптомның ценорхабдити элегандарын ұйымдастыру: геномдық ерекшеліктері, биогенезі және экспрессиясы». Genome Res. 16 (1): 20–9. дои:10.1101 / гр.4139206. PMC 1356125. PMID 16344563.
- ^ Aftab MN; Ол H; Skogerbø G; Чен Р (2008). «RNAi-ден кейінгі канорабдит элегандарындағы ncRNA экспрессиясының микро-сәулелік анно-РНҚ-мен байланысқан белоктарға қарсы анализі». BMC Genomics. 9: 278. дои:10.1186/1471-2164-9-278. PMC 2442092. PMID 18547420.
- ^ Камат Р.С., Фрейзер АГ, Донг Ю және т.б. (Қаңтар 2003). «RNAi көмегімен Caenorhabditis elegans геномының жүйелік функционалдық анализі». Табиғат. 421 (6920): 231–7. дои:10.1038 / табиғат01278. hdl:10261/63159. PMID 12529635.
- ^ Ploner A; Ploner C; Лукассер М; Niederegger H; Hüttenhofer A (қазан 2009). «Шағын кодталмаған РНҚ-ны құлатудағы әдістемелік кедергілер». РНҚ. 15 (10): 1797–804. дои:10.1261 / rna.1740009. PMC 2743047. PMID 19690100.
- ^ Ли Т; Ол H; Ван Ю; Чжэн Х; Skogerbø G; Чен Р (2008). «Ценорхабдита elegans кодталмаған РНҚ промотор мотивтерін in vivo талдау». BMC Mol. Биол. 9: 71. дои:10.1186/1471-2199-9-71. PMC 2527325. PMID 18680611.
- ^ а б в Boria I, Gruber AR, Tanzer A және т.б. (Сәуір 2010). «Nematode sbRNAs: омыртқалы Y RNAs гомологтары». Дж.Мол. Evol. 70 (4): 346–58. дои:10.1007 / s00239-010-9332-4. PMID 20349053.
- ^ Perreault J; Perreault JP; Boire G (тамыз 2007). «Метазоаналардағы ро-ассоциацияланған РНҚ: эволюция және диверсификация». Мол. Биол. Evol. 24 (8): 1678–89. дои:10.1093 / molbev / msm084. PMID 17470436. Алынған 2010-08-03.
- ^ Stein AJ; Фукс G; Fu C; Wolin SL; Reinisch KM (мамыр 2005). «РНҚ сапасын бақылау туралы құрылымдық түсініктер: Ро аутоантиген қате РНҚ-ны өзінің орталық қуысы арқылы байланыстырады». Ұяшық. 121 (4): 529–39. дои:10.1016 / j.cell.2005.03.009. PMC 1769319. PMID 15907467.
- ^ Христов СП; Gardiner TJ; Сюц Д; Krude T (қыркүйек 2006). «Адамның хромосомалық ДНҚ репликациясына кодталмайтын Y РНҚ-ның функционалдық қажеттілігі». Мол. Ұяшық. Биол. 26 (18): 6993–7004. дои:10.1128 / MCB.01060-06. PMC 1592862. PMID 16943439.
Әрі қарай оқу
- Stein AJ; Фукс G; Fu C; Wolin SL; Reinisch KM (мамыр 2005). «РНҚ сапасын бақылау туралы құрылымдық түсініктер: Ро аутоантиген қате РНҚ-ны орталық қуысы арқылы байланыстырады». Ұяшық. 121 (4): 529–39. дои:10.1016 / j.cell.2005.03.009. PMC 1769319. PMID 15907467.
- Sönnichsen B, Koski LB, Walsh A және т.б. (Наурыз 2005). «Ценорхабдита элегандарындағы ерте эмбриогенездің толық геномды РНҚ профилдеуі». Табиғат. 434 (7032): 462–9. дои:10.1038 / табиғат03353. PMID 15791247.
- Мосиг А; Гуофенг М; Stadler BM; Stadler PF (тамыз 2007). «Y РНҚ шоғырының омыртқалы эволюциясы». Biosci теориясы. 126 (1): 9–14. CiteSeerX 10.1.1.189.4108. дои:10.1007 / s12064-007-0003-ж. PMID 18087752.
- Хогг Дж .; Коллинз К (желтоқсан 2008). «Құрылымдалған кодталмаған РНҚ және РНП Ренессансы». Curr Opin Chem Biol. 12 (6): 684–9. дои:10.1016 / j.cbpa.2008.09.027. PMC 2633442. PMID 18950732.
- Марз М; Кирстен Т; Stadler PF (желтоқсан 2008). «Метазоа жануарларындағы сплизеозомдық snRNA гендерінің эволюциясы». Дж.Мол. Evol. 67 (6): 594–607. дои:10.1007 / s00239-008-9149-6. PMID 19030770.